Powołane zostało dniem 1 września 1999 r. w wyniku Uchwały Rady Miasta Zakopane. Rejon szkoły obejmuje osiedla i ulice: Brzeziny, Chłabówka, Cyrhla, Droga do Olczy     od nr 37, Gawlaki, Galicówka, Hrube Niżne, Hrube Wyżne, Huty, Janosówka, Klusie, Mrowce, Oberconiówka, Piszczory, Rybkówka, Stachonie, Stary Młyn, Topory, Walkosze, Wojdyły, Wyskówki, Zoniówka. Organizatorem i pierwszym dyrektorem była mgr Jolanta Iwanicka. Od 2001 r. do chwili obecnej funkcję dyrektora pełni mgr Agnieszka Salnikow. Od samego początku gimnazjum  ma własną siedzibę, w budynku dawnego przedszkola przy ulicy Janosówka 15a. Od listopada 1999 r. gimnazjum wraz ze Szkołą Podstawową nr 4 na Olczy jest współorganizatorem Biegu Niepodległości im. Marszałka Józefa Piłsudskiego. W 2009 r. Społeczność Olczańska wybrała na Patrona gimnazjum Błogosławionego Księdza Jerzego Popiełuszki. Rada Miasta uchwałą 27 kwietnia 2011 r. zatwierdziła ten wybór.

W dniu 19 października 2011 r. - w rocznicę męczeńskiej śmierci kapłana nadano Gimnazjum Nr 3 w Zakopanem imięBłogosławionego Księdza Jerzego Popiełuszki. 

Nawiązane  współprace: - w styczniu 2010 roku gimnazjum nawiązało współpracę ze Zespołem Szkół w Janowcach Górnych w sprawie kształtowania sylwetki i postaci ks. Jerzego Popiełuszki.

Oferta naszej Szkoły:

Gimnazjum Nr 3 w Zakopanem – Olczy jest położone w oddalonej od ulicznego zgiełku części miasta. Budynek szkoły jest mały ale wystarczający dla niewielkiej społeczności, jaką jesteśmy. Szeroki hol i korytarz dają możliwość wypoczynku uczniom podczas przerw, sale zaś witają uczniów swą jasnością, a ich wyposażenie  i wystrój sprawiają, iż zdobywanie wiedzy w takich murach to czysta przyjemność.  Wszystkie zajęcia sportowe odbywają się na sali gimnastycznej lub na boiskach. Dodatkowo organizowane są wyjazdy na basen, zajęcia w kręgielni lub na rowerach. Każdego roku rozgrywane są Zimowe Mistrzostwa Szkoły i Festyn z okazji Dnia Dziecka. Latem duże przerwy gawiedź uczniowska spędza           w patio, otoczonym murami budynku lub na boisku pod opieką nauczycieli. Teren szkoły jest ogrodzony, oddalony   od ruchliwych ulic. Uczniowie z Cyrhli i okolic dowożeni są bezpłatnie do szkoły GIM-busem. Gimnazjum na Olczy proponuje humanistyczny system wartości, oparty na chrześcijańskich postawach. Zapewnia uczniom dobre, bezpieczne         i przyjazne warunki do nauki. Przygotowuje ucznia do życia społecznego w rodzinie, środowisku lokalnym, w Ojczyźnie i w Zjednoczonej Europie.

Wspólnie z rodzicami wychowuje człowieka, który będzie:

- umiał znaleźć cel swego życia i działania,
- samodzielnie kreował swoją pozytywną przyszłość,
- odróżniał dobro od zła,
- szanował godność osoby ludzkiej,
- unikał uzależnień i nałogów,
- umiał dbać o zdrowie własne i innych,
- odrzucał przemoc i agresję.

Zajęcia lekcyjne prowadzi zespół pedagogów, który nieustannie wzbogaca swój warsztat pracy i podnosi kwalifikacje. Dla uatrakcyjnienia zajęć stosują pokazy multimedialne, filmy edukacyjne. Nauczyciele potrafią odkryć dziecko zdolne, pracować z nim twórczo, dbać o jego wszechstronny rozwój, pomóc osiągnąć sukces! Słabsi uczniowie zawsze mogą liczyć na profesjonalną pomoc i opiekę pedagogiczną. Staramy się każdego ucznia traktować indywidualnie. Niewielka ilość uczniów sprawia, że nikt nie jest anonimowy. W gimnazjum panuje demokracja, dlatego uczniowie również mają swoich przedstawicieli - Samorząd Szkolny,  który stara się rzetelnie i dokładnie wypełniać swoje obowiązki.
Dajemy uczniom różnorodną, bogatą i atrakcyjną ofertę edukacyjną, zapewniając wykształcenie o wysokim poziomie wiedzy i umiejętności. Wspomagamy wszechstronny rozwój ucznia, zgodnie z osobistymi potrzebami i  możliwościami.

Uczniowie mogą rozwijać swoje zainteresowania na zajęciach pozalekcyjnych, takich jak:
- kółko chemiczne, plastyczne, komputerowe, regionalne,
- zajęcia sportowe organizowane w ramach poszerzonego programu wychowania fizycznego,
- zajęcia komputerowe i sportowe w ramach programu „Parasol”,
- we wrześniu lub październiku biorą udział w kilkudniowej wycieczce integracyjnej,

Uczniowie klasy trzeciej:

- mają w planie nauczania zajęcia z doradztwa zawodowego, gdzie uzyskują informacje o różnych zawodach, poznają swoje „ukryte” talenty, przeglądają informacje o szkołach ponadgimnazjalnych, przygotowują do egzaminu gimnazjalnego i uczą się zasad rekrutacji elektronicznej.

Wszyscy uczniowie mają możliwość:
- korzystania z pomocy nauczycieli na zajęciach dydaktyczno – wyrównawczych,
- udziału w wycieczkach szkolnych, wyjściach do kina, teatru na wystawy – dofinansowanych z programu profilaktyki,
- zabawy na dyskotekach szkolnych organizowanych przez Samorząd Uczniowski,
- brania udziału w konkursach przedmiotowych, sportowych i artystycznych, wiedzy o bezpieczeństwie ruchu drogowego,
- przygotowania się do egzaminu na kartę rowerową i motorowerową,

Uczniom stwarza się szansę:

·         osiągania jak najlepszych wyników w nauce oraz rozwoju swoich zainteresowań i zdolności,

·         swobodnego posługiwania się językiem ojczystym i dwoma językami obcymi – angielskim i niemieckim,

·         korzystania z różnych źródeł informacji, w tym z sieci komputerowej i Internetu,

·         pracy indywidualnej i zespołowej,

·         dobrego przygotowania do wyboru szkoły średniej,

·         konstruktywnego rozwiązywania problemów, krytycznego myślenia i dokonywania świadomych i odpowiedzialnych wyborów.

Absolwenci Gimnazjum są:

·         są asertywni i tolerancyjni,

·         konsekwentnie realizują wyznaczone cele i stawiają sobie wciąż nowe wyzwania,

·         znają historię swojego regionu,

·         dostrzegają złożoność współczesnego świata i widzą w nim miejsce dla siebie,

·         czują się odpowiedzialni za własne życie.

Dyrekcji i gronu pedagogicznemu zależy na tym, aby absolwent Gimnazjum Nr 3 w Zakopanem stawiał sobie wciąż nowe wyzwania i konsekwentnie realizował wyznaczone cele, znał historię swojego regionu i kraju oraz czuł się pełnoprawnym obywatelem Europy i świata. Temu służy program wychowawczy szkoły.